Механические многоканальные пипетки работают по принципу вытеснения воздуха, как и одноканальные пипетки. У многоканальных пипеток несколько патрубков (обычно от 8 до 12), расположенных в ряд. На них крепятся наконечники. Расстояние между каналами составляет 9 мм, что соответствует расположению лунок на 96-луночном планшете — наиболее распространенном средстве для ускорения работы с пипетками в биологических лабораториях.